Se suele suponer que la mayor parte de la música instrumental de Bach fue compuesta antes de 1723, cuando asumió el cargo de cantor de Santo Tomás en Leipzig, donde la música de la iglesia se convirtió en su principal preocupación. Las cuatro sonatas para flauta y continuo que se conservan pertenecen probablemente a los años de Cöthen (1717-1723), aunque hay algunas pruebas de que esta sonata, en mi menor, fue compuesta poco después del traslado a Leipzig. Estas obras instrumentales le sirvieron bien en años posteriores cuando se hizo cargo de una serie de conciertos dados en un café de Leipzig, pero lo que se tocó en esos conciertos ha quedado en gran parte sin grabar, como inevitablemente ocurriría en los cafés.

La Sonata está escrita para la flauta traversa o "alemana" de soplo lateral, que estaba rápidamente suplantando al flauto simple (la flauta) con su tono y rango superior. Estas flautas se hacían normalmente de boj, aunque a veces se usaba ébano y marfil. Como sólo había una tonalidad, o tal vez ni siquiera eso, el flautista tenía que desarrollar una habilidad para cruzar los dedos, derivada de las técnicas de digitación que todavía se utilizaban en la flauta.

Los cuatro movimientos alternan tiempos rápidos y lentos, partiendo de la tónica menor hasta un melodioso relativo mayor en la tercera. El diálogo básico es entre la flauta y el bajo en la mano izquierda del teclista, mientras que la mano derecha proporciona armonía y decoración según sea necesario. En el último movimiento ese diálogo a menudo toma la forma de un canon, la una voz imitando de cerca a la otra. A veces Bach parece olvidar que el flautista tiene que respirar: el rápido segundo movimiento incluye un pasaje de más de 100 semicorcheas consecutivas sin interrupción.