Desde 1993, ha dirigido más de 20 actuaciones en The Hollywood Bowl con la Filarmónica de Los Ángeles y la Hollywood Bowl Orchestra, y regresa al Bowl en 2025 para otras dos actuaciones con la HBO. Ha dirigido un número igual con The National Symphony Orchestra en Wolf Trap. Debutó con la Filarmónica de Nueva York en el David Geffen Hall (entonces Avery Fisher Hall) del Lincoln Center en mayo de 2015 en cuatro funciones con todas las entradas agotadas, y regresó allí en mayo de 2019 para otras tres funciones con todas las entradas agotadas. ¡Frecuente director de orquesta invitado de The Philadelphia Orchestra, debutó allí en 2000, y desde entonces ha dirigido a la orquesta en numerosas ocasiones tanto en el Verizon Hall del Kimmel Center como en el Mann Music Center, y también ha dirigido a la Orquesta en el Bravo! Vail Music Festival. Ha dirigido como invitado a la Sinfónica de Pittsburgh en numerosos compromisos en el Heinz Hall, el último en marzo de 2022. También debutó con The Boston Pops en diciembre de 2017 en tres actuaciones con entradas agotadas, y regresó a The Pops en diciembre de 2019. Debutó con la Sinfónica de Detroit en diciembre de 2018, y regresó allí en 2021. En 2023 debutó con la icónica l'Orchestre de la Suisse Romande en Ginebra, Suiza, y recientemente comenzó una relación como director de orquesta invitado con la Orchestra Sinfonica di Milano Giuseppe VerdiMelbou. Ha dirigido numerosos compromisos con la Sinfónica de Seattle, a la que regresa en otoño de 2025. Debuta en París en 2026 con la Yellow Socks Orchestra, la orquesta de cine-concierto más importante de Francia. Ha dirigido frecuentemente como invitado a la Sinfónica de San Francisco, en más de 30 actuaciones de conciertos de cine y repertorio clásico en dos décadas. Su agenda de dirección actual y reciente incluye también múltiples actuaciones con la Orquesta del Centro Nacional de las Artes, la Sinfónica de Vancouver, la Sinfónica de Milwaukee, la Sinfónica de Utah, la Sinfónica de San Luis, la Orquesta de Minnesota, la Orquesta de Cleveland tanto en el Severance Hall como en el Blossom Festival, la Sinfónica de Nueva Jersey, la Sinfónica de Seattle y la Filarmónica de Hong Kong. Ha sido director de orquesta invitado con frecuencia en la Ópera de Sídney desde 1996, y en 2002, 2005, 2010 y 2016, volvió a dirigir como invitado a la Orquesta Sinfónica de Sídney en la Ópera de Sídney, incluyendo la grabación de un nuevo CD con la orquesta. En esta temporada y en temporadas recientes, también ha debutado y regresado con la Sinfónica de Baltimore, la Sinfónica de Houston, la Sinfónica de Dallas, la Sinfónica de Fort Worth, la Sinfónica de Nueva Jersey, la Sinfónica de Omaha, la Filarmónica de Calgary, la Sinfónica de Vancouver, la Sinfónica de Kitchener-Waterloo, la Orquesta Filarmónica de Malasia, la Orquesta Sinfónica de Australia Occidental, la Orquesta Sinfónica Nacional Danesa, y múltiples compromisos con la Orquesta de Conciertos RTÉ tanto en el National Concert Hall, como en el nuevo Grand Canal Theatre, ambos en Dublín, Irlanda. Ha sido director de orquesta invitado con frecuencia en el Teatro de Bellas Artes de Ciudad de México, donde ha dirigido a la Orquesta del Teatro de Bellas Artes en producciones de ballet y ópera. También ha sido director de orquesta de la Royal Philharmonic Concert Orchestra de Londres, con la que debutó en el Royal Festival Hall y con la que ha realizado giras por todo el Reino Unido, y más recientemente ha dirigido una gira de conciertos por 15 ciudades de EE.UU. y Canadá con la orquesta y los artistas invitados Dame Julie Andrews, Christopher Plummer, Charlotte Church, bailarines del Royal Ballet y el Westminster Choir and Bell Ringers.

Daugherty también ha dirigido para decenas de otras importantes orquestas sinfónicas, compañías de ballet y teatros de ópera estadounidenses e internacionales, como la Sinfónica de Indianápolis, la Sinfónica de Atlanta, la Sinfónica de Cincinnati, la Sinfónica de Nashville, la Filarmónica de Erie, la Filarmónica de Buffalo, la Orquesta de Louisville, la Sinfónica de Moscú, la Orquesta del Palacio del Kremlin de la Federación Rusa, la Orquesta Sinfónica de Grant Park, la Sinfónica de Columbus, la Sinfónica de Melbourne, la Filarmónica de Auckland, la Sinfónica de Adelaida, la Orquesta Sinfónica de la RCA, el Real Ballet Sadlers Wells, la Ópera de Bellas Artes de Ciudad de México, la Sinfónica de Montreal, la Sinfónica de Winnipeg, la Filarmónica de Rochester, la Sinfónica de Siracusa, la Sinfónica de Memphis, la Sinfónica de Long Beach, la Sinfónica del Pacífico, la Sinfónica de Edmonton, la Sinfónica de Carolina del Norte, la Sinfónica de Charlotte, la Sinfónica de Delaware, la Sinfónica de Phoenix, Sinfónica de Tucson, Sinfónica de Saskatoon, Sinfónica de Austin, Filarmónica de Colorado Springs, Sinfónica de Nueva Orleans, Sinfónica de Venezuela, Filarmónica de Oklahoma City, Primera Filarmónica de Seúl y los principales teatros de ópera italianos de Roma, Milán, Florencia, Turín y Reggio Emilia.
A lo largo de su carrera, también ha dirigido para una extensa y ecléctica lista de concertistas internacionales, entre los que se incluyen los violinistas Nadja Salerno-Sonnenberg, Cho-Liang Lin, Zachary De Pue, Rachel Lee Priday, Kyung-wha Chung, Eugene Fodor; los artistas internacionales de ópera Roberta Peters, Rosalind Elias, Julia Migenes, Jennifer Holloway, Helene Schneiderman, Blythe Walker, Rhys Meirion, Kristin Clayton, Bojan Knezevic y Grace Bumbry; cantantes/actores como Dame Julie Andrews, Christopher Plummer, Etta James, Rosemary Clooney, Charlotte Church y Lisa Vroman; narradores que van desde Lloyd Bridges y Buzz Aldrin hasta Amy Tan, y conjuntos no orquestales que van desde el Harvard Glee Club hasta el Westminster Choir y la Preservation Hall Jazz Band.

Como director de orquesta ballet aclamado por la crítica, Daugherty ha dirigido para las más grandes estrellas de ballet del mundo durante las últimas cuatro décadas, incluyendo a Mikhail Baryshnikov, Rudolf Nureyev, Gelsey Kirkland, Suzanne Farrell, Patricia McBride, Natalia Makarova, Carla Fracci, Cynthia Gregory, Alicia Alonso, Marcia Haydee, Richard Cragun, Merle Park, David Wall, Anthony Dowell. Cynthia Harvey, Julie Kent, Gillian Murphy, Marcelo Gomes, Amanda McKerrow, Marianna Tcherkassky, Susan Jaffe, Patrick Bissell, Daniel Duell, Merrill Ashley, John Meehan, Lis Jeppesen, Peter Schaufuss, Kyra Nichols, Eva Evdokemova, Karen Kain, Frank Augustyn, Vanessa Harwood, Patrick Dupond, Claude de Vulpian, Patricia Ruanne, Janie Parker, Li Cunxin, Kevin MacKenzie, Johan Renvall, Wes Chapman, Galina Panova, Valentina Kozlova, Leonid Kozlov, Sean Lavery, Adam Luders, Ib Andersen, Frank Andersen, Linda Hindberg, Robert Hill, Gyula Harangozó, John Meehan, Eleanor D'Antuono, Yoko Morishita, Ann Marie De Angelo, Gregory Huffman, Beatriz Rodríguez, Philip Jerry, Starr Danias, Danilo Radojevic, Jean Charles Gil, Patrice Bart, David Peregrine, Vladimir Gelvan, Jorge Donn, Alexander Godunov, Joyce Cuoco, Youri Vamos, Jose Manuel Carreno, Isaac Hernandez, Yuan Yuan Tan, Frances Chung, Jaime Garcia Castilla, Maria Kochetkova, Guennadi Nedvigin, Damian Smith, Megan Fairchild, Joaquín de Luz, Joan Boada, Carlos Quenedit, Ana Sophia Scheller, Gonzalo García, Daniel Ulbricht, Taras Domitro, Nelson Madrigal, Lorna Fejioo, Ask le Cour, Rebecca Krohn, Adiarys Almeida, Joseph Gatti, Sasha Radetzky, Stella Abrera, Misty Copeland, Cheryl Yeager, María Gislatoddir, Yanis Pikieris, Marialena Mencía y muchos otros. Ha formado parte del personal de dirección del American Ballet Theatre, el Ballet de la Ópera Estatal de Baviera (Bayerisches Staatsballett), el Ballet de La Scala y el Ballet del Teatro Regio di Torino, ha sido director musical del Louisville Ballet, el Ballet Chicago, el Chicago City Ballet y el Eglevsky Ballet, y ha dirigido como invitado para decenas de compañías internacionales. En 2016, Daugherty fue nombrado director musical de los famosos e icónicos Les Ballets Trockadero de Monte Carlo, con los que debutó dirigiendo en el Kennedy Center Opera House en marzo de 2017. De 2012 a 2015, fue Director Musical del Ballet San José, donde dirigió casi 50 actuaciones por temporada para la compañía, con Symphony Silicon Valley en el foso de la orquesta. En verano de 2013, debutó dirigiendo The Russian National Orchestra en el internacionalmente aclamado Festival del Sol de Napa Valley, presidiendo la reconstrucción de un ballet de Fokine perdido hace tiempo con música de Rachmaninoff, además de una gala internacional de ballet. Ha dirigido numerosas versiones de todos los ballets completos, así como partituras de obras de innumerables coreógrafos importantes, desde George Balanchine hasta Sir Frederick Ashton.

Como director, guionista y productor de programas de televisión basados en la música, Daugherty ha creado varias producciones importantes para el proyecto ABC Television Network, incluida una producción de animación y acción en vivo en horario de máxima audiencia de Pedro y el lobo, de Prokofiev, que creó, coescribió, dirigió y dirigió, y por la que ganó un premio Emmy Prime Time como productor (en colaboración con su socio productor David Ka Lik Wong), así como otros numerosos premios importantes (incluida una nominación adicional al Emmy como director de orquesta y director musical). También colaboró (junto con David Ka Lik Wong) con la autora de The Joy Luck Club , Amy Tan, en la adaptación a serie de televisión de su célebre libro infantil Sagwa, The Chinese Siamese Cat (Sagwa, el gato siamés chino).

La serie de 80 episodios, ganadora de un premio Emmy, se estrenó en PBS en otoño de 2001 como serie de televisión infantil de animación diaria, producida en colaboración con Sesame Workshop, PBS Kids y CineGroupe. Daugherty se encargó de la producción ejecutiva y escribió gran parte de los cuentos animados.

Daugherty también recibió una nominación al Emmy por Rhythm & Jam, sus especiales de la cadena de televisión ABC que enseñaban los fundamentos de la música a un público adolescente, que creó y produjo con el Sr. Wong.

En 1998, Daugherty recibió el premio bianual Indiana Governor's Arts Award del estado donde nació, en reconocimiento a sus contribuciones artísticas no sólo en Indiana, sino también en el resto del país.  

Al recibir el premio, Daugherty se unió a una exclusiva lista de anteriores galardonados de Hoosier, entre ellos los compositores Cole Porter y Hoagy Carmichael, los directores de orquesta Raymond Leppard y John Nelson, el violonchelista Janos Starker, los violinistas Joshua Bell y Josef Gingold, el arquitecto Michael Graves, el diseñador Bill Blass y el novelista Kurt Vonnegut Jr. En 2005, el difunto gobernador de Indiana, Frank O'Bannon, le nombró Sagamore of The Wabash, el más alto galardón que el gobernador del estado puede conceder a un artista. Asimismo, el Gobernador de Kentucky lo nombró miembro de la Honorable Orden de Coroneles de Kentucky por su contribución a las artes y la cultura de la Commonwealth.

En 2006, Daugherty también fue nombrado Laureado de la Biblioteca Pública de San Francisco por su contribución a los libros infantiles, la lectura y la literatura, uniéndose así a una distinguida lista de autores que han recibido este título. Este premio fue especialmente significativo para Daugherty, ya que su tatarabuelo fue el poeta estadounidense Henry Wadsworth Longfellow.  

Daugherty nació y creció en Pendleton, Indiana, donde comenzó sus estudios de piano a los 4 años con Elizabeth Edmundson, con la que estudió hasta los 19 años. Recibió su formación en el Jordan College of Music de la Universidad Butler, donde estudió dirección con John Colbert, violonchelo con Shirley Evans Tabachnick, Dennis McCafferty y Anne McCaffety, y piano con Martin Marks y Frank Cooper; en la Universidad de Indiana, donde obtuvo un programa especial de trabajo/estudio de dirección como asistente de Thomas Briccetti y The Fort Wayne Philharmonic; y en el College-Conservatory of Music de la Universidad de Cincinnati, donde estudió dirección y repertorio operístico con Kelly Hale, dirección de ópera con Italo Tajo, y donde dirigió numerosas producciones del CCM Opera Studio, incluyendo representaciones completas y extractos de "La Rondine", "Gianni Schicci", "Fidelio", "La Boheme", "Le Nozze di Figaro" y otras. A los 19 años fundó la Sinfónica del Festival de Pendleton, que tuvo su sede de verano en el Teatro Paramount de Anderson durante 7 años, y trajo al condado de Madison a artistas internacionales de la talla de las estrellas de la Metropolitan Opera Roberta Peters y Rosalind Elias, el violinista Eugene Fodor, el Harvard Glee Club y estrellas del American Ballet Theatre, el New York City Ballet y el Joffrey Ballet.

En 1990, Daugherty creó, dirigió y dirigió el exitoso musical de Broadway Bugs Bunny On Broadway, una producción escénica con orquesta y película en directo que agotó todas las entradas en su larga temporada en el Teatro Gershwin de Broadway de Nueva York, y que desde entonces ha sido aclamada por la crítica y ha agotado todas las entradas en todo el mundo. La tradición del concierto sinfónico de Bugs Bunny continuó cuando Daugherty y su socio productor David Ka Lik Wong lanzaron una nueva versión, Bugs Bunny At The Symphony, en 2010, con doble estreno mundial en la Ópera de Sídney con la Sinfónica de Sídney, y en el Hollywood Bowl con la Filarmónica de Los Ángeles. La siguiente versión del concierto, Bugs Bunny at the Symphony II, también creada por Daugherty y Wong, se estrenó en 2013 con estrenos mundiales en el Hollywood Bowl Ángeles y la Sinfónica Nacional en Wolf Trap. El 30 Aniversario de esta franquicia de conciertos, se estrenó en otoño de 2019 con la Filarmónica de Erie, la Orquesta Sinfónica de Seattle y la Boston Pops. En 2025, la Edición 35 Aniversario se estrena con en el Hollywood Bowl con The Hollywood Bowl Orchestra, celebrando también el 85 Aniversario de Bugs Bunny. 

Daugherty vivió en San Francisco los últimos 20 años, y ahora reparte su tiempo entre Las Vegas, Francia e Italia.