Producto del innovador El Sistema, es cada vez más reconocido por su destacada actividad interpretativa y discográfica, que abarca los medios solista, camerístico y orquestal. Tanto en el estilo clásico como en el folclórico, Pacho cautiva al público con su enérgica entrega y su colorido tono. 

Sus actuaciones como solista incluyen apariciones con orquestas como Basel Symphonieorchester, Orchestre National de Lille, San Diego Symphony, National Orchestra of the Polish Radio, Simfònica do Estado de São Paulo, Swedish Chamber Orchestra, Taipei Symphony, Salzburger Philharmoniker, Saint Petersburg Camerata, Tokyo Symphony, Het Gelders Orchestra, Orquesta de Valencia, Orquesta de RTVE, Hyogo PAC Orchestra, Sinfónica de Minería de México, Real Filharmonía de Galicia, Sinfónica de Tenerife, Stavanger Orchestra, Orquesta del Teatro Colón de Buenos Aires y Orquesta Simón Bolívar de Venezuela. En recital, ha actuado en salas como el Carnegie Hall, la Salle Pleyel de París y la Ópera de Tokio. 

En la temporada 2022/23, Flores es Artista Residente con la Orquesta Sinfónica de Galicia y la Royal Liverpool Philharmonic, y también actúa con la Buffalo Philharmonic, San Francisco Symphony, Los Angeles Philharmonic, Quebec Symphony, Montreal Symphony, Sinfónica de Singapur, Sinfónica de Tucson, Filarmónica de Belgrado, Filarmónica del Ártico en Noruega, Sinfónica de Walla Walla, Sinfónica Nacional de Colombia y Nacional de Chile, con más estrenos en los nuevos conciertos de Gabriela Ortiz y Daniel Freiberg. 

Su repertorio incluye encargos y estrenos de obras de compositores como Efraín Oscher, Arturo Márquez, Roberto Sierra, Paquito D'Rivera, Christian Lindberg y Daniel Freiberg, y él mismo es compositor de dos nuevos conciertos para trompeta y fliscorno, así como de obras de conjunto y música de cámara. 

   Flores es artista exclusivo de Deutsche Grammophon y ha publicado cinco grabaciones: Cantar, Entropía, Fractales, Cantos y Revueltas, y Estirpe. 

   Artista Stomvi, toca con instrumentos construidos especialmente para él.